Налоговые проверки интернет-магазина

Интернет-магазин — один из самых прозрачных форматов бизнеса для налоговой. Выручка, платежи, данные маркетплейсов — все это уже есть у инспекции, и расхождения видны сразу.

Разбираемся, как устроен налоговый контроль в онлайн-торговле и что сделать, чтобы проверка прошла без стресса.

• Какие бывают проверки налоговой
• Почему и когда приходят налоговые проверки
• Как проходит проверка на практике
• Как подготовиться к проверке
• Что делать, если пришла проверка
• Что изменилось в 2026 году
• Какие риски несет налоговая проверка
• Чек‑лист, чтобы проверка прошла спокойнее

Какие бывают проверки налоговой

Есть следующие виды проверок:

• Камеральная — проходит онлайн после того, как бизнес сдает декларацию или налоговый расчет в ФНС. 

• Выездная — если ФНС обнаруживает нарушения и хочет проверить деятельность на месте. 

• Повторная — если вышестоящий орган контролирует работу инспекции, налогоплательщик подал уточненную декларацию с уменьшенной суммой налога, компания проходит реорганизацию или ликвидацию. 

• Встречная — направлена на контрагентов магазина: поставщиков и подрядчиков. Так инспекторы проверяют, были сделки настоящими или фиктивными.

Также интернет-магазин контролируют Роспотребнадзор, Роскомнадзор и ФАС — подробнее об этом в отдельной статье.

Почему и когда приходят налоговые проверки

Не каждый бизнес попадает в план проверок, но есть ряд признаков, которые повышают этот шанс:

1. Налоговая нагрузка ниже средней по отрасли.

2. Данные по онлайн-кассе, банку, маркетплейсам и декларации не совпадают. Один из способов уменьшить такие расхождения — облачная касса АТОЛ Онлайн, которая автоматически передает данные о каждой продаже в ФНС через ОФД, без ручного ввода и ошибок.

3. Бизнес работает в убыток два года подряд и более.

4. Доля вычетов по НДС больше 89% от суммы исчисленного налога.

5. Расходы растут быстрее доходов или регулярно их превышают.

6. Зарплаты сотрудников ниже средних по отрасли и региону.

7. Доходы регулярно приближаются к лимиту спецрежима. Например, магазин работает на УСН, где лимит — 490,5 млн рублей в год, а выручка из года в год держится на уровне 460–480 млн рублей.

8. Закупки идут не у одного поставщика, а через цепочку посредников. 

9. Бизнес не отвечает на запросы налоговой и не предоставляет документы.

10. Рентабельность заметно ниже, чем в среднем по отрасли. Актуальные ориентиры есть на официальном сайте ФНС.

11. Компания несколько раз меняла адрес регистрации.

12. Сделки заключаются с компаниями с признаками однодневок: нет реального персонала, активов или адреса.

Проверить, насколько показатели бизнеса соответствуют этим критериям, можно самостоятельно. Недавно был запущен скоринг-конструктор для предпринимателей, с помощью которого можно запросить официальный анализ своей финансово-хозяйственной деятельности.

Как проходит проверка на практике

Рассмотрим порядок двух основных проверок.

1) Камеральная начинается автоматически в день подачи налоговой декларации или расчета и длится в течение трех месяцев — без выезда и без уведомления бизнеса. При этом провести ее может не только «своя» инспекция, но и из другого региона — об этом уведомят в течение пяти рабочих дней через ТКС, личный кабинет или Госуслуги. Документы можно отправить в любую. 

Что происходит дальше:

Если нарушений нет — проверка просто закрывается.

Если есть ошибки или неточности — налоговая запрашивает пояснения и документы, обращается в банки, опрашивает свидетелей и проверяет контрагентов. Ответить нужно в течение пяти рабочих дней. Также инспектор вправе:

• изъять документы;

• запросить данные у контрагентов и банков;

• вызвать налогоплательщика в офис;

• осмотреть помещения и территории (с согласия налогоплательщика);

• привлечь эксперта или переводчика.

Если нарушения подтверждены, в течение десяти рабочих дней после окончания проверки составляется акт и направляется бизнесу.  

У предпринимателя есть один месяц на подачу возражений, после чего инспекция выносит финальное решение. 

2) При выездной проверке инспекторы приезжают туда, где фактически ведется бизнес. В случае интернет-магазина это склад или офис. Если налогоплательщик не может предоставить помещение для работы проверяющих, проверку перенесут в офис налоговой.

Как проходит:

1. Сначала определяется программа: что именно и за какой период будет проверяться. Это могут быть не только три предыдущих года, но и уже закрытые кварталы текущего года.

2. На месте инспекторы запрашивают документы: книги покупок и продаж, счета-фактуры, банковские выписки, кассовые и зарплатные документы и другие. Также могут осмотреть помещения, опросить сотрудников или провести инвентаризацию.

3. В последний день составляется справка, что проверка окончена.

4. В течение двух месяцев готовится акт с результатами.

5. После получения акта у бизнеса есть один месяц, чтобы с ним ознакомиться и направить возражения в ФНС.

Обычно проверка длится два месяца, однако при необходимости срок могут продлить до четырех или шести.

Как подготовиться к проверке

Важно регулярно следить за ключевыми показателями. Например, раз в квартал проверять:

• Документы. В договорах, оферте, актах, накладных и счетах-фактурах не должно быть ошибок в датах, реквизитах и подписях. Суммы по эквайрингу, платежным агрегаторам, маркетплейсам и отчетности должны совпадать между собой.

• Работу с поставщиками. Регистрационные данные, бухотчетность, рабочая переписка — все это может понадобиться, если налоговая усомнится в реальности сделки.  

Также стоит подготовить свою команду:

• Назначьте ответственного, кто будет координировать весь процесс: собирать документы и отвечать на запросы проверяющих.

• Проинструктируйте сотрудников. Инспекторы вправе вызвать на допрос любого работника: лично или в онлайн-формате через видеоконференцсвязь (ВКС). Объясните команде главное —  говорить только о том, что входит в их обязанности.

Что делать, если пришла проверка

Если проверяющие уже у вас на пороге, рекомендуем придерживаться следующего алгоритма:

1. Попросите удостоверения инспекторов и решение о проверке. 

2. Предупредите своих сотрудников и напомните о правилах общения с представителями ФНС.

3. Выдавайте только официально запрошенные документы и фиксируйте их передачу. 

4. Не препятствуйте осмотру. Инспекторы вправе изучить помещения и территории, связанные с деятельностью компании. Отказ может быть расценен как попытка скрыть информацию.

5. Предупредите контрагентов и проверьте, чтобы ваши договоры и накладные совпадали.

6. Внимательно изучите акт после проверки. Если не согласны с выводами, подготовьте письменные возражения, приложив подтверждающие документы. Здесь рассказали, как обжаловать налоговое решение.

Что изменилось в 2026 году

Некоторые из этих важных нововведений мы уже упоминали по ходу статьи — для удобства собрали их в одном месте:

• Налоговый скоринг. ФНС теперь официально оценивает бизнес по аналогии с банковским скорингом: анализирует декларации, бухотчетность, зарплаты и контрагентов, а после выдает выписку с результатами.

• Экстерриториальность. Камеральную проверку теперь может проводить любая уполномоченная инспекция — не только та, в которую сдается отчетность. 

• Выемка документов. Оригиналы документов могут изымать при камеральной проверке, а не только при выездной. 

• Онлайн-формат с 1 сентября 2026 года. Допросы, рассмотрение материалов и подача возражений переходят в онлайн — через ВКС, ТКС, личный кабинет и Госуслуги. Убедитесь, что у вас актуальная электронная подпись и настроен электронный документооборот (ЭДО).

Подробнее о новых полномочиях ФНС рассказали отдельно.

Какие риски несет налоговая проверка

Предпринимателю могут грозить следующие штрафы за нарушения: 

Чек‑лист, чтобы проверка прошла спокойнее

1. Сверьте данные кассы и отчетности. Суммы по эквайрингу, маркетплейсам, банку и декларации должны совпадать. 

2. Проверьте документы по сделкам. В договорах, актах и счетах-фактурах не должно быть ошибок в датах, реквизитах и подписях. По каждому поставщику храните регистрационные данные, бухотчетность и деловую переписку. По всем важным документам сделайте копии. 

3. Контролируйте ключевые показатели. Налоговая нагрузка, рентабельность и зарплаты не должны сильно отклоняться от среднеотраслевых значений.

4. Используйте «Сервис оценки» от ФНС как инструмент самоаудита. Можно увидеть, как налоговая оценивает ваш бизнес, и исправить слабые места до проверки.

5. Назначьте ответственного и подготовьте команду. Один человек должен координировать взаимодействие с инспекторами, а сотрудники должны знать заранее, как вести себя на допросе.

6. Проверьте техническую готовность. С сентября 2026 года допросы и рассмотрение материалов переходят в онлайн. УКЭП должна быть актуальной, а ЭДО и видеосвязь — настроены.